La question qui reste en suspens est celle de la concurrence avec l'agronomie alimentaire et l'économie de l'eau. Les gains espérés ne risquent-ils pas de mettre en péril les ressources du sol ? Il est déterminant d'opérer le bilan énergétique de ces programmes d'innovation. Quels sont également les impacts sur la santé ? De multiples interrogations qui sont actuellement sans chiffrage réel... Néanmoins les recherches progressent. Le Chili a déjà effectué un circuit commercial au moyen de ce bio-carburant.
Toutefois les objectifs demeurent-ils réellement protecteurs de la nature ou se s'abrite-t-il d'autres manœuvres, politiques, business ? A la totalité de ces réflexions des solutions. Ces derniers se distinguent par leur procédé de production : les biodiesels extraits à partir d’alcool de canne à sucre ou betterave, les hydrocarbures extraits à base d'huile de tournesol et encore les carburants fabriqués avec du gaz méthane.